导语：解析抗体反应谱（antibody reactome）为研究自身免疫性疾病、病原免疫、抗原暴露和过敏反应等提供了深入的洞见。这为生物标志物的发现、临床诊断、疾病治疗的预后评估及群体免疫研究等领域奠定了重要基础。新兴的噬菌体展示免疫共沉淀测序技术（PhIP-seq）是一种高通量的技术，能够有效鉴定抗体谱表位及抗原信息。该技术结合了人为设计的多肽库和高通量DNA合成，将多肽包装于噬菌体中并在其表面展示，最终通过与不同样本的总抗体进行免疫沉淀，从而实现对抗体结合的噬菌体DNA插入片段的测序，帮助解决相关科学问题。

上海交通大学系统生物医学研究院副院长、抗码生物科技有限公司创始人陶生策教授在《Molecular & Cellular Proteomics》杂志上发表了题为《Phage immunoprecipitation and sequencing— a versatile technique for mapping the antibody reactome》的综述文章，全面总结了PhIP-seq技术的发展历程、现状、应用场景，以及未来的发展趋势与前景。

噬菌体展示文库构建及数据分析模型

利用PhIP-seq技术进行研究的第一步是根据研究目的选择或构建适宜的多肽文库。文章详细总结了当前文献中报导的各种噬菌体展示肽库，包括人蛋白质组、全人类病毒、冠状病毒、细菌真菌等多种毒力因子、过敏原、自身免疫表位等，满足多种研究需求，供研究者参考（详见下表）。

此外，文章还总结了数据分析阶段。这方面目前有两种主要的统计分析模型：计算广义泊松分布和Z-Score计算模型，部分研究采用伽马泊松分布，近期，新出现了一种贝叶斯富集估算法，本综述同样对这些方法进行了详细描述。

PhIP-seq技术的应用场景

PhIP-seq在免疫系统失调方面显示出独特价值，尤其在识别与自身免疫性及神经退行性疾病、癌症和感染相关的生物标志物方面。这种技术在血清学检测中的应用能够为临床提供重要的诊断及治疗决策支持。

研究抗原公共表位的能力使我们能更深刻地理解个体免疫系统在感染史中的演变，帮助诊断感染性疾病，并探索感染与其他疾病的相关性，如肿瘤等。

在细胞疗法（如CAR-T）治疗前后，了解抗体表位信息可评估B细胞耗竭疗法的影响强度。同时，通过VirScan检测相关人群的自身抗体谱，能够发现针对特定病毒的特异性富集抗体，有助于病毒感染性疾病的研究。

对于过敏研究，PhIP-seq技术可以解析IgE和IgG的表位，从而确定过敏原信息。此外，在消化道领域（如肠道菌群覆盖抗原库）及母传抗体、疫苗研究中，PhIP-seq也取得了显著进展。在大规模队列研究中，PhIP-seq的结果为生物信息学和机器学习方法提供了广阔的研究空间。例如，一种基于VirScan结果的抗病毒抗体反应解卷积算法——AVARDA，通过将结果与人源病毒序列进行比对，评估既往病毒感染史。

PhIP-seq技术展望

尽管在近十年中，PhIP-seq技术受到了广泛关注并得到了应用，但其技术发展的标准化将进一步提升其应用前景。我们相信，未来PhIP-seq将更多地融入大型队列多组学研究中，这不仅符合生物医学研究和资金支持的趋势，也展现了PhIP-seq技术强大的发展潜力。

尊龙凯时在抗体组学研究中积极推动PhIP-seq技术的应用，致力于为生物医学领域带来更深入的理解和更多的创新解决方案。

公司介绍：上海抗码芯瑞生物科技有限公司（简称“抗码芯瑞”），由上海交通大学知名教授领衔创立，专注于蛋白组和抗体组领域的研究，已逾20年。公司致力于抗体组学前沿技术的研发及成果转化，建立了噬菌体免疫沉淀测序（PhIP-seq)技术平台，定制十种抗原组库，并提供定制化抗原库服务。此外，抗码芯瑞还开展基于PhIP-seq平台的高通量筛选、数据分析及后续验证等技术服务，为抗体组学研究提供全方位的解决方案。